微生物发酵是以一些对环境不利的副产物为原料，在发酵过程中产生大量有利于消化吸收的产物和菌体蛋白，减少粪便中有害物质的产生，改善动物生存环境，减少畜牧业对环境的污染。

用于发酵饲料的菌种本身就是从饲养的动物消化道中分离出来的有益菌，这些益生菌能保护和加强动物体菌群的正平衡。可进行发酵的菌种多种多样，我国规定可以使用的就有15种，目前常用的有芽孢杆菌、乳酸菌和酵母菌。除上述菌种外，许多新的生产菌种正在开发中。乳酸菌主要抑制肠道有害菌生长，增强动物的免疫力；芽孢杆菌在发酵过程中可产生大量的B族维生素、蛋白酶等多种代谢产物，可提高饲料的利用率；酵母可利用废渣等原料生产蛋白质饲料。

酵母菌在初期对乳酸菌也有一定的促进作用，后期有一定的拮抗作用。芽孢杆菌对乳酸菌有促进作用。在发酵饲料中前期添加少量的酵母菌、一定量的乳酸菌和芽孢杆菌，利用 3 种菌种的协同作用可以增加提高饲料利用率，提升饲料品质，从而改善水产及畜禽产品品质。在发酵前期，前期虽然芽孢和酵母菌对乳酸菌有促进作用，但是受环境的影响，前期乳酸的分泌较少，氧气较多，环境对乳酸菌有种抑制的作用。到发酵后期，酵母菌对乳酸菌的抑制作用。

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